Antes de llamarse Provincia Franciscana de la Santa Fe, hacia el año 1565, nuestra entidad recibió el nombre de Custodia de San Juan Bautista, nombre dado por el puñado de frailes españoles que llegaron a nuestras costas de Santa Marta y Cartagena, y que, luego de una travesía fatigosa por el río Magdalena, se establece en Santafé de Bogotá, la capital del Nuevo Reino de Granada. Se cree que el nombre de la custodia fue dado por la proximidad a la fiesta del nacimiento de San Juan Bautista. Rápidamente los frailes franciscanos se fueron insertando en la realidad del pueblo del Nuevo Reino de Granada, sometiéndose a difíciles momentos que brotaban de muchas injusticias que se cometían contra los indígenas por parte de los encomenderos. Cabe tener presente, que la Provincia de la Santa Fe, desde sus inicios ha trabajado incansablemente por no estar al margen de las situaciones políticas, sociales y culturales. Por lo tanto, nos es de extrañar, que los frailes franciscanos acompañaran procesos como fueron: las Doctrinas, misiones, colegios de propaganda fide, espiritualidad y piedad popular, asistencia social, bellas artes y literatura. Acompañó así mismo, la causa patriota y por ende los esfuerzos de independencia de nuestra nación, claro está, que le acarrearía más adelante, bastantes dificultades de tipo interno.