Bajo el signo de las divisiones: En ese ambiente de discordia, todos los esfuerzos por reunificar a la Orden fracasaron, de modo que el 29 de mayo de 1517, con la bula "Ite vos", el papa León X terminó de romper il hilo simbólico que aún mantenía unidas a ambas familias, concediendo a los frailes de la Regular Observancia el primado jurídico de la Orden, que hasta ese momento tenían los Conventuales. En cuanto a las otras reformas, el mismo papa las obligó a unirse a una u otra Orden. En ese momento, los Observantes eran ya 30.000, repartidos en 1.500 conventos. Los conventuales eran otros tantos.
En el siglo XVI, la Observancia ya no es la de antes: no rehuye los estudios, construye grandes conventos e iglesias enormes, sin mayores escrúpulos de conciencia. Nada tiene, pues, de extraño que, apenas un año después de la división, se segregaran de ellos los Frailes Menores Reformados de la Estricta Observancia, aprobada por Clemente VII el 16 de noviembre de 1532, con la bula "In suprema". El mismo papa, cuatro años antes, aprobó también la reforma de los Frailes Menores Capuchinos, desgajados igualmente de la Observancia. Luego se separan también los Alcantarinos y los Recoletos, aprobados igualmente por la Iglesia.
Tantas divisiones podrían ser motivo de escándalo para algunos, pero no dejan de ser, en realidad, un signo de la gran vitalidad del árbol plantado por San Francisco, cuyos hijos nunca han dejado de competir -no siempre de la manera más apropiada- por alcanzar la meta de la perfección evangélica, estimulados siempre por los ejemplos y las palabras del santo fundador.
Excepto los Capuchinos, que lograron conquistar y mantener su independencia, las demás familias franciscanas reformadas, aún conservando su autonomía y libertad de movimiento, siguieron formando parte de la familia Observante, compartiendo con ellos un mismo ministro general y los esfuerzos apostólicos y misioneros, distinguiéndose, de manera especial, en Hispanoamérica, donde aún son muy numerosos y constituyen una fuerza importante de la Iglesia Católica.
Crisis y reunificación: También las distintas ramas Observantes fueron víctimas del ciclón revolucionario europeo de los siglos XIX y XX, pero su fuerte vitalidad interna, la rápida fundación de nuevos seminarios y del Colegio Internacional Romano (1890) para los estudios superiores, la erección de nuevas provincias, la creación de nuevos conventos y la recuperación de los antiguos les aseguró una fuerte recuperación y una presencia aún más numerosa y prestigiosa que antes.
La reunificación de León XIII del 4 de octubre de 1897 puso fin a la secular división de la familia observante, aunque aún tendrá que intervenir Pío XII en 1940, para hacer frente a ciertas resistencias, debidas, sobre todo, a motivos políticos y nacionales.
Presencia y actividades hoy en el mundo: Hoy, los Hermanos Menores están en todo el mundo y son la fuerza misionera más importante de la Iglesia católica. El 31 de diciembre de 1991 eran 16.008 profesos solemnes (6 cardenales, 9 arzobispos, 92 obispos, 12.492 sacerdotes, 69 diáconos permanentes, 684 clérigos y 2856 hermanos legos). Los profesos simples eran 2153 (1475 estudiantes de teología y 678 hermanos legos) y los novicios, 577, que sumaban en total 18.738 religiosos.
Los Hermanos Menores tienen a su cargo importantes santuarios del franciscanismo primitivo, como San Damián, Las Cárceles y la Porciúncula en Asís, la Verna, Araceli en Roma y los santuarios del valle de Rieti. También tienen bajo su custodia los Santos Lugares de Tierra Santa. El "Ateneo Antoniano" de Roma, con sus facultades de teología, filosofía y derecho desarrolla una amplia actividad científica y cultural. El Colegio S. Buenaventura de Quaracchi (ahora Grottaferrata) es célebre por sus ediciones monumentales de autores y documentación franciscana. Dignos de mención son también la Comisión Escotista y el Instituto Bíblico de Jerusalén, los centros Angelicum de Milán y Antoniano de Bolonia. Pero no todo es cultura. Los Menores también desarrollan una intensa labor misionera y pastoral en multitud de parroquias, iglesias y santuarios de todo el mundo.
El grupo franciscano más numeroso se caracterizan por el hábito marrón o café, que sustituyó al gris tradicional en el siglo XIX, un capucho corto que no baja de los hombros y las típicas sandalias.
La curia general, después del derribo del convento de Araceli para la construcción del gigantesco monumento a Víctor Manuel II, se trasladó al convento de Santa María Mediadora, en la colina del Gelsomino de Roma.